In qualità di sacerdote, Don Andrea aveva a disposizione un mezzo efficacissimo per essere d’aiuto ai suoi fratelli nelle necessità dello spirito e in quelle che riguardavano l’indirizzo e lo sviluppo della vita cristiana: la Confessione.
Come aveva appreso dal suo maestro Don Marinoni, egli non si limitava all’ascolto delle debolezze umane, al sommario giudizio e all’assoluzione delle colpe; con saggezza e bontà conduceva le anime che a lui si affidavano verso la perfezione del loro stato.

Per attuare con responsabilità la sua missione Don Andrea consacrava molto tempo allo studio e alla preghiera, il buon confessore deve comprendere le esigenze e le debolezze dell’uomo, confortarlo e fortificarlo con la grazia e gli aiuti divini del Sacramento. Si legge negli scritti del Santo:

«Tutti abbiamo bisogno di un’esperta guida, che ci conduca per la strada sicura, che ci porta alla Patria celeste … La prima e ottima guida è Dio … la seconda è l’Angelo custode …. la terza è il nostro Confessore, il quale deve essere ben preparato, buono e prudente, senza interessi e umani disegni, che non cerchi altro se non la gloria di Dio e la salute delle anime. Il confessore … si astenga dall’imporre penitenze esteriori ai peccatori non ostinati e che desiderano emendarsi. Nutra i penitenti con il latte delle dolci esortazioni, li stimoli a lasciare la vita peccaminosa con la soavità della divina misericordia».

Riferisce Padre Don Andrea Pescara Castaldo:
«Trattava i peccatori con immensa benevolenza e si sforzava con grande carità e dolcezza di attrarli sulla buona strada; soleva dire che simile benevolenza l’aveva imparata dal Figlio di Dio …».

I penitenti di ogni età, sesso, condizione e classe sociale assiepavano il suo confessionale per ore ed ore, in attesa di ricevere, con l’assoluzione delle colpe, la parola di luce e di conforto, d’incoraggiamento e di orientamento spirituale.
Quando si pubblicarono i decreti del Concilio di Trento, che demandavano la competente giurisdizione per udire le confessioni agli Ordinari locali, il Cardinale Agostino Cusani ottenne per lui dalla S.Sede il privilegio di confessare qualsiasi persona e in ogni luogo.

I volumi che raccolgono le testimonianze giurate per i processi di Beatificazione sono pieni di fatti che comprovano i meravigliosi frutti di questo apostolato: la riconciliazione di nemici, la pace fra coniugi, l’estinzione di odi e inimicizie.