Nell’aprile 1567 Padre Don Andrea Avellino venne nominato Preposito di San Paolo Maggiore a Napoli. Ricoprì tale carica in varie riprese, fino al 1577, anche a Piacenza e a Milano. E, inoltre, fu visitatore della Provincia religiosa lombarda (1573 – 1577) e della Provincia romana – campana (1590 – 1591).
Per compiere bene i compiti di governo si era proposto l’osservanza delle seguenti regole:

1) agire secondo il detto della sapienza: con fermezza e con dolcezza;
2) imitare il Signore che prima insegnò con l’esempio e poi con la parola;
3) tener presente il monito di S.Bernardo ai prepositi: «vedano tutto, dissimulino molto, correggano poco»;
4) valutare la buona volontà dei confratelli, apprezzare il loro operato e farlo conoscere, perché sia di esempio e di sprone agli altri.

Sotto una guida così saggia, lungimirante e santa, le comunità di Napoli, Piacenza e Milano vissero il periodo migliore, più fecondo e ricco di teatini di intensa spiritualità religiosa.
Don Andrea era convinto che più che il rimprovero e la severità fossero il bene e l’incoraggiamento che producono e stimolano il miglioramento della persona.
Nel processo di canonizzazione fu definito il santo della corrispondenza, il propagatore dell’amore divino. “Le mie lettere altro no mirano, se non ad eccitare l’anime al divin’amore”.

Edito nel 1731, in due volumi, l’espistolario raccoglie 1003 lettere autografe (delle probabili 1300 scritte); il manoscritto è conservato nell’archivio della Casa di San Paolo Maggiore a Napoli.
Inoltre, ci sono pervenuti quasi tutti i suoi scritti di cultura sacra.
Egli si ispirava principalmente a S. Agostino, S. Giovanni Crisostomo, S. Bernardo e S. Tommaso.
In particolare, Padre Andrea era devoto della Madonna e recitava quotidianamente il Rosario, secondo gli insegnamenti di sua madre. Di tutte le virtù che arricchiscono la Madre di Gesù, tre colpirono l’attenzione di Don Andrea: l’umiltà, la laboriosità e il silenzio, custode del raccoglimento dello spirito. “Ella impetra tutte le grazie ai suoi devoti che cercano di imitarla nella virtù dell’umiltà”.