La mattina del 10 novembre del 1608, secondo il racconto di Valerio Pagano, testimone oculare, Padre Andrea chiamò il fratello laico, datogli per compagnia e aiuto, e scese presto in sacrestia per celebrare la S.Messa. L’inserviente si accorse che camminava con grande difficoltà e, rivestiti i paramenti sacri, si avvicinò all’altare: «Salirò all’altare di Dio», disse, e cominciò a cadere. Il fratello lo prese fra le braccia e, aiutato da altri, lo trasportò nella sua stanza. Fu messo a letto, ma egli cercava di alzarsi e, anche se non poteva parlare, faceva capire che voleva scendere in chiesa. Arrivò il Proposito e gli impose di rimanere nella sua stanza, dove ricevette il Viatico con grande segno di devozione. Benché non potesse parlare, udiva perfettamente e si rendeva conto di tutto. Durante l’unzione degli infermi i confratelli si accorsero dell’immobilità del braccio e della spalla sinistra: l’apoplessia lo aveva privato della parola e gli aveva paralizzato il lato sinistro del corpo. Verso sera entrò in agonia, respirava a fatica e divenne nero come un africano. Dopo mezz’ora il suo volto diventò bianco come la neve e straordinariamente bello; quindi, con molta serenità, esalò lo spirito.

La mattina seguente, martedì 11, la salma fu portata in chiesa e moltissima gente addolorata partecipò alle esequie.
In vita l’Avellino aveva predetto che solo quattro giorni dopo la morte l’avrebbero seppellito; così pure aveva preannunciato:
«Da vivo mi hanno ferito tre volte, dopo la morte mi feriranno altre tre volte».

Mentre erano in procinto di seppellire la salma, i teatini si accorsero che dalla testa stillavano gocce di sangue rosso, come da un corpo vivo, benché Don Andrea fosse morto da trenta ore. Qualcuno, la sera precedente, per impossessarsi di una ciocca di capelli, con le forbici gli aveva tagliato la pelle dietro l’orecchio destro.
Fu convocato il dottor Girolamo Tomasi, il quale pensò a una morte apparente. Per accertarsene praticò nel capo del defunto due incisioni: entrambe si arrossarono di sangue vivo.
Trentasei ore dopo la morte dell’Avellino giunse nella chiesa di S.Paolo il dottor Giulio Azzolini, al quale venne riferito il fatto. Egli praticò un piccolo taglio nella parte superiore dell’orecchio destro e constatò che anche di lì stillava sangue.
Il cimitero fu chiuso a chiave e, quando a tarda sera il Preposto e altri padri scesero nella cripta, si avvidero che dalla ferita fatta dall’Azzolini gocciolava sangue, per cui posero una piccola ampolla sotto l’orecchio. Questa si riempì in poche ore e fu necessario metterne un’altra.

Il giovedì 13 novembre, terzo giorno dopo la morte, la ferita si richiuse dopo aver versato sangue per 18 ore. Tutto questo impressionò molto i medici, unito al fatto che le braccia e le mani erano flessibili come un corpo vivo e gli occhi apparivano freschi e trasparenti.
Il venerdì 14 novembre fu deciso di tumularlo. Nel trasportare la salma nella cripta, dalla ferita sulla fronte uscì tanto sangue da bagnargli tutta la fronte e la testa. Una parte di esso fu raccolto in un’ampolla e custodita dal Padre Presposito.
Il giorno della morte di Don Andrea era stata ordinata una cassa funebre di oltre un palmo più lunga della salma ma, al momento di deporvi il corpo, si constatò che esso si era tanto allungato che era impossibile farlo entrare. Fu necessario costruire una nuova cassa e la salma fu inumata il venerdì sera, quattro giorni dopo la morte.
Il lunedì 17 novembre, otto giorni dopo la morte, il medico Pietro Vecchione notò che il sangue custodito nell’ampolla era mosso da bollicine. Per molti anni il sangue si è conservato liquido e rosso.
Intorno al sepolcro del Santo vecchio vi fu un fiorire di prodigi. Il sangue spruzzato dalle piccole incisioni operate sulla salma del Santo e il suo bastone furono gli strumenti dei fatti più straordinari, la cui fama si divulgò in tutta Napoli e fuori città, accendendo nei cuori la devozione per l’Avellino.

Il 10 novembre 1609, primo anniversario della morte, non si celebrò con rito funebre: molti lo considerarono come giorno di festa, e così i successivi anniversari.
Il susseguirsi di grazie e di veri miracoli, ottenuti per intercessione del servo di Dio, aumentava sempre di più il bisognodei beneficiati di esternare la loro gratitudine.
Il 26 ottobre 1616 il S.Ufficio autorizzò la celebrazione della festa già in uso popolare nella chiesa di S.Paolo; il 10 novembre 1616 – ottavo anniversario della morte di Padre Andrea – si può considerare la prima festa semi-ufficiale del Santo.
La causa di beatificazione, iniziata a Napoli il 12 ottobre 1613 e successivamente a Roma, a Piacenza, a Milano, a Castronuovo, a Palermo, a Sorrento e in molte altre città, procedette celermente. Papa Urbano VIII, il 10 giugno 1625, approvò il culto del Beato Andrea. A Napoli, il 29 settembre, nella chiesa di S.Paolo fu proclamato nono protettore della città.
Il 22 maggio 1712 papa Clemente XI dichiarò Santo Padre Andrea Avellino.